Véronique Lisi

Pymol commands

Last modified: 07/2007

Pour séparer plusieurs molécules du même fichier:
split_states all

Pour sélectionner un range de résidus par leur numéros:
select selection_name, resi 2244-2248

Pour avoir un fond blanc:
bg_color white

Plus joli si on ajoute:
set depth_cue=0
set ray_trace_fog=0

Pour sélectionner les bases avec leur sucre
select sugar_and_bases, resn a+c+g+t+u

Pour sélectionner les protéines facilement:
select sugar_and_bases, resn a+c+g+t+u
select proteins, !sugar_and_bases

Pour sélectionner 15A autour du résidu 1234
select myRes, resi 1234
select around_Res, myRes around 15

Pour sélectionner les bases sans les sucres
select bases, name c2+c4+c5+c6+c8+n1+n2+n3+n4+n6+n7+n9+o2+o4+o6

Pour sélectionner les sucres seulement
select sugars, resn a+c+g+t+u and (not name c2+c4+c5+c6+c8+n1+n2+n3+n4+n6+n7+n9+o2+o4+o6)

Pour effacer une sélection
delete selection_name

Pour faire de belles stéréo view (2000 pixels X 2000 pixels)
ray 2000,2000,angle=-3
png image_left.png
ray 2000,2000,angle=3
png image_right.png

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